Terra de pescadores desde o século XII, a Pederneira era então denominada Seno Petronero, que significa Golfo da Pederneira. Situava-se, nessa época, mais para o interior e era a pesca na Lagoa a fonte de riqueza da vila. Desenvolvida, no final do século XV, com a chegada dos pescadores da assoreada e despovoada vila de Paredes, foi um dos mais importantes portos de mar dos Coutos do Mosteiro de Alcobaça.
Sede de concelho, a Pederneira era, a seguir a Alcobaça, a vila mais populosa e produtiva dos domínios de Cister.
O Rei D. Manuel I concedeu-lhe Foral em 1514. Na época áurea dos Descobrimentos Portugueses – séculos XV e XVI – foi um dos mais activos estaleiros navais do reino, de onde saíram muitas naus e caravelas. Pelo porto da Pederneira eram escoadas mercadorias e as madeiras do Pinhal do Rei, para a capital e além-mar.
Da sua população de pescadores foram recrutados muitos bravos marinheiros, destacando-se o mítico calafate e mareante Bastião Fernandes, que terá sido marinheiro na Rota das Índias.
O desenvolvimento do Sítio e o progressivo afastamento do mar, devido ao assoreamento da Lagoa, levaram à decadência da Pederneira, em finais de setecentos. Nem a vinda dos Ílhavos e de outros pescadores e marítimos da zona da Ria de Aveiro para a vila lhe deu ânimo. Lentamente os seus habitantes vieram fixar-se na enseada, perdendo assim o estatuto de sede do concelho que passou para a Praia.
Após um longo período de algum abandono, lentamente a Pederneira recobrou a vida ao longo do século XX.