Terra de pescadores desde o século XII, a Pederneira era então denominada Seno Petronero, que significa Golfo da Pederneira. Situava-se, nessa época, mais para o interior e era a pesca na Lagoa a fonte de riqueza da vila. Desenvolvida, no final do século XV, com a chegada dos pescadores da assoreada e despovoada vila de Paredes, foi um dos mais importantes portos de mar dos Coutos do Mosteiro de Alcobaça.
Sede de concelho, a Pederneira era, a seguir a Alcobaça, a vila mais populosa e produtiva dos domínios de Cister.
O Rei D. Manuel I concedeu-lhe Foral em 1514. Na época áurea dos Descobrimentos Portugueses – séculos XV e XVI – foi um dos mais activos estaleiros navais do reino, de onde saíram muitas naus e caravelas. Pelo porto da Pederneira eram escoadas mercadorias e as madeiras do Pinhal do Rei, para a capital e além-mar.
Da sua população de pescadores foram recrutados muitos bravos marinheiros, destacando-se o mítico calafate e mareante Bastião Fernandes, que terá sido marinheiro na Rota das Índias.
The development of Sítio and the progressive drawback of the sea due to the silting up of the gulf, and the formation of the new beach, led to the decline of Pederneira in the end of the 18th century. Not even the arrival of fishermen from the area of the Aveiro Ria was enough to give it some vitality. Slowly the inhabitants moved to the new bay.
Nowadays, Pederneira is one of the town centres, peaceful and pleasant; an attentive belvedere of the sea and of the beach bellow, guardian of past memories.